رنگ‌آمیزی و بررسی با استفاده از میکروسکوپ
در این روش میکروارگانیسم با نگاه کردن زیر میکروسکوپ شناسایی می‌شود.در این روش اکثر نمونه‌هابارنگ‌های خاصی که میکروارگانیسم‌ها را رنگ‌آمیزی می کنند و باعث می‌شوند که از پس‌زمینه متمایز شوند، رنگ می‌شوند. بعلاوه برخی از میکروارگانیسم‌ها دارای اندازه، شکل و رنگ مشخصی هستند که با استفاده از آن قادر به تشخیص می‌باشند. بااین‌حال، بسیاری از میکروارگانیسم‌ها شبیه به هم هستند و نمی‌توان آن‌ها را با استفاده از میکروسکوپ تشخیص داد. همچنین، میکروب مورد نظر بایدبه‌اندازه کافی در نمونه وجود داشته باشد و بایدبه‌اندازه‌ای بزرگ باشند که با میکروسکوپ دیده شوند. به‌عنوان‌مثال، ویروس‌ها را نمی‌توان با استفاده از میکروسکوپ شناسایی کرد زیرابسیار کوچک هستند. برای تشخیص باکتری‌ها ابتدا رنگ‌آمیزی گرم انجام می‌گیردکه باکتری‌ها بر اساس آن به دوطبقه گرم مثبت و گرم منفی دسته‌بندی می‌گردند.پزشکان می‌توانند بر اساس مثبت یا منفی بودن باکتری‌ها تصمیمات درمانی را اتخاذ کنند. بسته به میکروارگانیسم‌هایی که در نمونه تصور می‌شود علاوه بر رنگ‌آمیزی گرم، از رنگ‌های دیگر مانندکریستال ویوله،کربول فوشین، زیل نلسون و رنگ‌آمیزی تاژک به روش لیفسون نیز استفاده می‌شود.
